L’area interessata dal Programma è complessivamente di 26.148 Kmq.

Per l’Italia, comprende l’intero territorio siciliano con i suoi 25.832 Kmq di superficie.

Per Malta, l’intero territorio maltese con i suoi 316 Kmq di superficie.

L’area di cooperazione, posta in zona periferica rispetto al baricentro dell’Unione Europea, è morfologicamente varia.

In Sicilia prevale il territorio collinare (interno e litoraneo) e a Malta prevalgono pianura e litorali rocciosi.

L’area è caratterizzata da un’accentuata ruralità e dalla diffusa presenza di centri urbani di dimensioni medie e piccole, ha natura insulare e ci sono casi di doppia insularità su entrambi i versanti.